Næringsstofforurening, lugtgener og andre sundhedsrelaterede problemer i forbindelse med landbrug, er forbundet med indholdsstoffer i gyllen.
Indholdsstofferne i gylle er i første omgang bestemt af indholdsstofferne i dyrenes fækalier og urin, samt stoffer og mikroorganismer der findes i stalden.
Under lagring i gyllebeholdere sker yderligere en mikrobiel anaerob forgæring af gyllen, som giver anledning til yderligere dannelse af en række forskellige stofskifterester i gyllen.
Gyllens "kemi" er derfor en meget kompleks "suppe" - rent kemisk.
Der er udført undersøgelser af forekomsten af bestemte flygtige organiske stoffer i luften over gylle. På dette link er givet en liste over flygtige stoffer i gylle: http://www.biosite.dk/leksikon/gyllelugt.htm
Flere af stofferne har en lav lugttærskel og/eller er på anden vis sundhedsskadelige i varierende grad. Svovlbrinte er et af de mest giftige stoffer, der findes.
Danmarks Miljøundersøgelser har i faglig rapport FR430 påvist en række tungmetaller, phenoler, detergenter, antibiotika, PAH-forbindelser og blødgørere i gylle.
Rent miljømæssigt, kan gylleproblemer derfor ikke reduceres til "lugtgener", men omfatter sundhed og miljø i bredere forstand end blot "gener".